Mira, creo q te saldria mejor olvidarte si el usuario ingresa guiones o puntos por que a lo mejor no todos los van a ingresar igual. Por Ej:
rut="1.111.111-1"
rut = rut.replace(".","");
rut = rut.replace("-","");
rut=rut.trim();
o
rut="1111111-1"
rut = rut.replace(".","");
rut = rut.replace("-","");
rut=rut.trim();
Entonces en los 2 casos quedaria igual(11111111).