Viejo ahi hay que meter mano en las configuraciones, primero hay que establecer bien el direccionamiento IP ojalá por VLSM y ver el tema de las VLAN que estén bien configuradas, lo segundo pueden verificar si los enlaces troncales entre switches estén bien asignados a las bocas correspondientes. Lo otro e importante, hay que configurar bien el tema del Switch Servidor y los Switches clientes, y por ultimo ver la opcion de implementar spanning tree. Ahora no se que Router están usando ustedes.