holas, lo del aumento de tamaño es porke usas un bitrate más alto al ke corresponde al video original, para ver esto, cuando abres el video con el VirtualDub, te vas a File, File Information..., donde dice Average bitrate te muestra dos numeros, deben recordar el ke está acompañado de kbps, ese numero lo anotas el la configuracion del codec ke vayas a usar. Y lo otro, tienes ke fijarte ke en el menú de Audio esté marcado en Direct Stream Copy o sino dejará el audio con las opciones de algún procesamiento de video antiguo.
Para lo de los subtitulos, especifica ke fue lo ke pasó
Espero te sirva, saludos