el msn messenger abre SIEMPRE el mail en Internet Explorer, aunq firefox sea tu navegador predeterminado.
ahora bien, esto se puede solucionar con el MSN PLUS! (supongo q lo ubicas... o si no búscalo e instálalo porq es el mejor plugin para el msn)
lo que yo hago, considerando q tengo un mail de GMAIL es ir a la preferencias del msn plus! luego a > general > cuentas de e-mail > y aquí configuro el e-mail como POP3 (para los mails de hotmail es bien fácil, para los gmail es un poco más complicado, pero simple al fin y al cabo... y donde dice "cliente e-mail" buscas dentro de tu PC donde tienes el Firefox instalado (generalmente es C:\Archivos de Programa\Mozilla Firefox\firefox.exe") y eso hará q te muestre tu e-mail en el Firefox. (también puedes en lugar de elegir el Firefox elegir un programa de gestión de e-mails como el Outlook o el Thunderbird, muy recomendado este último!)
Suerte!
pd: recuerdo q había otro plugin q te permitía abrir todos los enlaces desde el messenger con tu navegador predeterminado, pero no me acuerdo cual era (creo q era el stuuffplug o algo así, aunq no es muy estable) :P o si se podía hacer lo mismodesde el mismo msn plus! (pero revisando ahora no encontré esa opción al menos)