Por alguna extraña razón que aún no logro comprender, Linux no te permite estar utilizando más de un solo thread de instalación/actualización de recursos, porque si hay activo uno se bloquea el otro. En otras palabras solamente podes instalar/actualizar desde la consola o desde el manejador de paquetes gráficos pero ambos no pueden estar trabajando a la vez. Es algo que realmente me decepciona...