En si, el hecho de poner la publicidad no es malo, pero debe hacerse de acuerdo al diseño y espacio disponible.
No soy nadie para decirles como hacer sus trabajo, pero creo que podrían hacer unos cambios sutiles y mejorar el sitio con la publicidad.
Por ejemplo, dos banner de 300x250 me parece un exceso, y se vería mejor un banner de 468x60, o uno de 728x90, que aprovecharían (y se verían) mejor ese espacio, además de darles el fondo color "crema" de los post en vez de ese azul.
Ademas, respecto al banner lateral de 120x600, la mayoría de los usuarios se da cuenta que se desperdicia ese espacio, ya que el banner se queda en la parte de arriba de la pagina y al bajar, ya no se ve mas y queda un "espacio vacio" que no se aprovecha. Podrían buscar poco dejarlo "fijo" y que cuando los usuarios hagan scroll hacia abajo o hacia arriba, el banner los siguiera, y ese espacio se aprovecharia mejor.