SimonTroncoso

Efectivamente el MKVmerge (version GUI) es tu mejor opcion, pues no tienes que codificar nada, que por lo general lleva horas, sino que empaquetar (a un MKV) que lleva solo minutos. Personalmente lo ocupo para doblar películas sin eliminar el audio original ademas de ponerle los subtitulos pero sin necesidad de dejarlos "pegados".

Para los que tienen camaras Canon Reflex, existe otra alternativa llamada MagicLanter que agrega muchas mas funciones. Personalmente las que más uso son el intervalometro para hacer time lapses y la posibilidad de reiniciar la grabacion de video cuando el archivo supera los 4GB permitidos. Y también poner valores ISO intermedios. Mas info: http://magiclantern.wikia.com