La diferencia es que AAC es compresión con pérdidas de calidad, y FLAC es compresión sin pérdidas de calidad, es decir, cuando se comprimen con FLAC, los datos sólo se reordenan y comprimen de tal manera que su calidad no se ve afectada, mientras que AAC sí se ve afectado, es una pérdida irrecuperable de datos.