Yo también tuve el mismo problema, la solución fué upgradear firefox al 4, el problema es que no hay add-on compatible pa tray system, pero apliqué kdocker, saludos.
pd: es weá de que fedora todos los días me tira alguna actualización nueva, no sé si seré yo que no estoy acostumbrado a actualizar tanto o no sé, pero llega a ser molesto ver la caja café ahí, al lado del reloj a cada rato y que me 'sugiera' reiniciar :angry:
A mi igual me molesta ese ícono, pero lo solucioné desactivando que compruebe si hay actualizaciones y cada dos o tres días lo actualizo por consola :D